2018'de Galatasaray başkanlığına aday olan Ali Fatinoğlu, Türkiye Futbol Federasyonu Başkanı Nihat Özdemir ile Fenerbahçe Kulübü arasında yaşanan tartışmaya katıldı.

Ali Fatinoğlu Twitter hesabından yaptığı paylaşımda "Nihat Özdemir’in ve ardından Fenerbahçenin açıklamasına bakınca..... Sanki...TFF, (şike vardı diyerek) Lig Şampiyonluğu kupasını Trabzonspora vermenin alt yapısını kuruyor gibi geldi bana...." diyerek bir tartışma yarattı.