Futbola, doğup büyüdüğü Almanya’da başladı. Hikmet Karaman’ın isteğiyle 1998’de Erzurumspor’a transfer oldu. Sırasıyla Diyarbakır, G.Saray, Malatya ve Bursa formaları giydi. Ömer Erdoğan, kariyerinin Galatasaray dönemi hakkında itirafta bulundu.

Fatih Terim faktörü nedeniyle sarı kırmızılıları seçen Ömer, sarı kırmızılılardaki kariyerinin sadece 1 sezon sürmesiyle ilgili olarak “G.Saray gibi ülke futboluna ilkleri yaşatmış bir camianın parçası oldum. Ayrılış sebebime gelince... Kulüp olarak zor bir süreçten geçiyorduk. Camianın hataya toleransı azdı ve maalesef ben de o süreçteki baskının kurbanı olarak ayrılmak zorunda kaldım” açıklamasını yaptı.